1.溶鹽：先將一定比例的鹽投入鹽斗中，按3—4%的濃度調配，打開進水閥進行溶解，再打開泵式溶鹽閥門，溶解完成后，靜置15分鐘左右，再找高位鹽箱閥門，將稀鹽水用泵注入高位鹽箱中備用。
酸洗：電解一體式次氯酸鈉發生器水處理設備累計運行250小時需要酸洗一次，根據水質狀況相應延長或縮短酸洗周期，酸洗時，先打開所有排水閥，排出管道中的積鹽，再打開進酸閥和排酸閥，直排出酸液的有機管從酸水中流出，關閉進酸閥，待酸水在電極管中浸泡1~2小時后再排出，再反沖洗一次，一般濃度為10%左右。
運行方式：打開進鹽液閥，調整好流量調節閥，將流量控制在5—6升/時，同時打開出藥閥和冷卻水閥，再啟動整流電源，電流調整在50A內一般電壓5V左右，如電壓過高說明鹽水濃度較低，反之鹽水濃度較高，則電解操作即可。
反沖洗：每班操作完畢，必須反沖洗清洗一次，反沖洗時先打開放空閥，排出結在管路上的鹽水，再打開反沖洗放空閥和反沖洗進水口來水閥，沖洗10分鐘左右，再將放空閥找開排出積水，待下次再使用。
另外，電解一體式次氯酸鈉發生器水處理設備還能分解殘留在蔬菜、水果和其他農副產品上的微量藥。大多數殺蟲劑是由有機物質構成的，而次氯酸鈉發生器釋放出的新態氧可以將這些物質氧化分解。這對于現代農業、果蔬包裝工業的發展無疑具有重大的推動作用。
還可以肯定的是，由于次氯酸鈉發生器產生的消毒劑不像氯、二氧化氯等消毒劑在水中產生游離氯，因此一般很難形成因游離氯的存在而導致的對人體有害的致癌物質；也不像臭氧那樣，只要空氣中存在微弱的量(0.001mg/m3)，就會對生命造成傷害和毒害；此外，還不能像氯與水反應會后形成鹽酸一樣，次氯酸鈉發生器不會對金屬管道造成嚴重腐蝕。