在這兩項研究中，澳大利亞悉尼嘉萬研究所（Garvan Institute）的Sue Clark及其同事以及荷蘭內梅亨大學（Radboud University）的Hendrik Stunnenberg及其同事對染色質免疫沉淀且經過亞硫酸氫鹽處理的DNA進行測序。利用相同的DNA來評估胞嘧啶和組蛋白標記，從而克服了不同批次細胞之間的異質性問題，并能對標記之間的相互作用作出更直接的評估。通過ChIP來靶定基因組的特定區域，也能避免全基因組亞硫酸氫鹽測序帶來的高額費用。
為了讓這種方法行之有效，研究小組需要優化他們的亞硫酸氫鹽處理步驟，以便接受免疫沉淀所產生的少量DNA。Clark談道：“主要的改進是讓亞硫酸氫鹽處理沒那么劇烈，并能處理75到100 ng DNA。”他們的方法很相似，并使得幾乎100%的未修飾胞嘧啶發生轉化。
兩個小組都利用這種技術研究了組蛋白H3第27位賴氨酸上*基化（H3K27me3）與DNA甲基化之間的串擾（cross-talk）。過去的研究表明，這兩種標記在CpG島上是互相排斥的。一種理論假設，DNA甲基化是一種更為*的標記，它取代了干細胞分化期間的H3K27me3。Stunnenberg小組的研究結果證實了這種對抗，而Clark小組則認為DNA甲基化和H3K27me3并不總是相互排斥，可以基因組區域依賴的方式共存。他們采用了不同的細胞系，這可能解釋了他們的不同結果。
據Clark 介紹，BisChiP-seq方法可與富集目標DNA的任何方法共同使用，且結果是鏈特異的，提供了等位基因的分辨率。Clark下一步考慮研究其他組蛋白標記及基因組結合因子，以便了解它們與DNA甲基化組的直接關系。
Stunnenberg小組則利用ChIP-BS-seq方法來進行甲基化研究的體內驗證。他認為這種技術將在等位基因特異作用和表觀遺傳學印跡中發揮作用。v
