癌癥治療的目的在于尋找合適的藥物，用于合適病患的合適靶標上，但是要想研發出這樣的“個性化”藥物，首先還必須了解關于癌癥，以及其對潛在治療藥物的敏感性，更詳細的內容。

來自哈佛大學麻省理工Broad研究院，諾華生物醫學研究所等處的研究人員發表了題為“The Cancer Cell Line Encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity”的文章，公布了*全新，可免費獲取的，關于詳細癌癥基因組數據（包括對藥物應答的預測）的公共資源，這一由學術產業共同完成的成果公布在3月29日Nature雜志上。
上篇： Nature封面：首卷癌細胞系百科全書CCLE的預測
發表Science文章，*Sanger miRNA 18.0版，聯川微陣列檢測服務，免費索要資料>> >>

利用來自CCLE的詳細資源，研究人員也許就能更加清楚的了解哪種腫瘤zui有可能對某種特殊藥物作出應答——在進行臨床實驗之前。因此病患可以分析其癌癥遺傳和分子特征，選取zui有可能奏效的治療方案。
“很早就能知道這些信息，也許有助于提高藥物研發的成功率，相比于包括并不了解遺傳特征的晚期癌癥病人的，遺傳上‘無關’的方法”，Garraway說。

研究人員在其它癌細胞中也發現了對現有化療藥物敏感的新預測，提高SLFN11表達水平能預測對于拓撲異構酶抑制劑的敏感性，另外一個分析表明多發性骨髓瘤，也許會對IGF1受體抑制劑作出反應。這些還需要正式的臨床實驗，才能了解是否這些特征在病患體內確實存在。
“我們可以不僅可以提出關于新出現靶向治療的問題，而且還可以對標準的化療藥物提出疑問”，Garraway說，“這也許就能找到那些對傳統化療更能作出應答的新方式。這種預測的‘無應答’也許有助于嘗試不同治療方案。”

“從計算生物學角度來說，這是一個可以進行更多分析的清晰復雜的數據集”，Stransky說，“我們還只是進行了冰山一角的研究。”
下一步，CCLE將基于更深入測序，代謝活性特征，以及表觀遺傳學修飾進行深入分析，“這確實只是冰山一角”，Garraway說，“利用這些預測模型運算法則，以及目前這一規模的數據集，這項研究將自成一體。”

其它百科全書
除了這一百科全書，目前已經公布的還有細菌百科全書，抗體百科全書等，比如在modENCODE這一計劃中，消息就是2010年來自耶魯大學等處的研究人員對兩種重要的模式動物：秀麗隱桿線蟲（Caenorhabditis elegans）和黑腹果蠅（Drosophila melanogaster）進行了系統分析，從而獲得了詳細的相應基因表達的數據。

2003年美國啟動了ENCODE計劃（ENCyclopedia Of DNA Elements），主要目的是建立人類基因組中生物功能關鍵性元素目錄。2007年美國國家人類基因組研究協會（NHGRI）又撥款5千7百萬美元，資助建立在ENCODE計劃基礎上的modENCODE計劃，即model organism ENCODE （modENCODE） Project——模式動物“生命百科全書”項目。
這項研究中，研究人員對線蟲和果蠅轉錄模式，以及基因表達等方面進行了分析和數據收集，由于這兩種重要的模式動物擁有許多與人類相似的基因組，因此這一研究意義重大，有助于了解人類生理機能，及疾病發生等方面。

研究人員首先收集了在線蟲整個發育過程中，基因組中237個與該生物基因結構、RNA表達及染色質調節等有關的數據。然后對那些數據進行了分析，從而獲得了一個更為完整和描述個體基因以及它們的轉錄和表達的模型。
 

同時，這一研究也分析了超過700個的有關果蠅基因表達的詳細情況的數據庫。研究人員分析了這些果蠅基因組的機體與功能之間的。研究人員表示，這一研究結果有助于人們更為的預測基因功能、組織和發育階段調節因子及基因表達水平。
除此之外，來自美國能源部聯合基因組研究所等處的研究人員采用了與之前細菌和古細菌基因組測序不同的選擇方法，對56個可培育物種基因組序列進行測序和分析，這將提供系統發育、蛋白功能和基因組注解等方面的信息。

這項屬于細菌百科全書的成果獲得了近1000個完整細菌和古細菌的基因組，其中大部分是以這些細菌和古細菌的生理為依據來測序基因組的。但這就造成了一個后果：目前可以獲得的基因組受限于系統發育樹。
他們主要采用的方法包括，通過SSU rRNA的系統發育樹識別目前未知的主要分支基因組（DSMZ或ATCC培養物中可分離獲得），從這些分支中篩選分離物進行培養，純化DNA，定性檢測。然后利用Sanger/ABI, Roche/454 以及Illumina/Solexa的技術進行鳥槍法測序，采用不同的組裝方法解析獲得的數據，并通過進一步的分析確定基因組序列。

另外國內科學家參與了各類百科全書計劃中，比如2010年來自國內20多家科研機構的科技工作者在深圳宣布，中國科學家將共同發起“萬種微生物基因組計劃”，預計在3年內完成1萬種微生物物種全基因組序列圖譜的構建，并以此為核心開展一系列基因組水平上的探索和研究。

來源：生物通