1. 電泳圖譜不齊或分離不良
這是電泳分析中zui常見的問題，多數是由于血清滴加不均勻或滴加過多，也有因薄膜質量不合要求所致。點樣這一步非常關鍵，一定要按操作步驟進行。首先選擇質勻、孔細、染料吸附少的薄膜充分浸透緩沖液至濕度均勻無干白點。然后將濾紙吸去薄膜表面的多余水份，使薄膜含水量飽和均勻，這樣才能防止薄膜表面液體含量不均，水份移動而引起標本移位。
點樣前注意關閉門窗和風扇，因空氣流通快可使標本和水份蒸發而影響電泳圖形。點樣要力求做到均勻迅速，有報道，在實踐中把加樣器干沾血清，改為沾取標本前先浸入蒸餾水中沾濕用吸水紙吸干后再沾血清，這樣加樣器內均勻沾取血清的效果較干沾為佳。
2. 電泳圖譜出現條痕
問題是由于點樣后薄膜過干，或因電泳槽密閉性不良，或電流過大，溫度升高，薄膜水份蒸發干燥而造成的。因此薄膜一定要充分浸透后才能點樣，并注意檢查電泳槽是否蓋緊，電泳槽要放在遠離光源熱源的陰涼之處。
在電泳過程中隨時觀察電壓電流的變化，因通電后產生一定的熱量，電流會有所增加。控制電壓100~110 V，電流0.5~0.6 mA/cm，電泳時間一般冬長夏短，以區帶展開3.5~4 cm 即可（另加一條溴酚藍預染血清，同樣操作，指示區帶展開的距離）。
3. 區帶拖尾或區帶過于緊密
緩沖液的離子強度低于0.05即出現區帶拖尾現象，離子強度>0.075則區帶過于緊密。此時需要檢查更換緩沖液。常規操作一般使用連續電泳*鹽緩沖液pH8.6，離子強度0.06。電泳槽中緩沖液經10次使用后，不應簡單地采取交換電極的方法，而是將緩沖液取出重新混合過濾后，再進行使用，一般用4個周期后需更換新液。
王祖植通過實驗說明，離子強度愈低，區帶展開愈長，電泳速度愈快。電泳區帶展開的距離也跟薄膜數量有關。在教學實驗中，經常發現薄膜愈少，展開的距離愈短，區帶愈清晰的現象。在儀器輸出電壓相同的情況下，薄膜愈少，加在薄膜兩端的電壓愈高，電壓高會使展開的長度縮短。只要薄膜數量在5條以上，即可使圖譜展開長度有較好的重現性。
4. 區帶一邊長一邊短呈現扭曲現象
這是薄膜兩邊電阻不一樣，電阻大的一邊電流小，速度慢，區帶展開短。造成這種現象的原因是薄膜未緊壓在電泳槽的濾紙橋上，使薄膜接觸不良而增大了電阻。在操作過程中，一定要注意使薄膜兩端緊壓在濾紙橋上。
5. γ球蛋白區帶倒退
這是電滲作用引起的。可升高點樣端的緩沖液面高度或適當加大電流量克服之。
6. 染色后白蛋白中間色淺
有些同學在實驗中往往急于求成，染色時間未到便匆忙取出薄膜漂洗，結果造成了白蛋白區帶中間色淺的現象。造成這種現象的另一個原因是白蛋白含量過高。可增加染色時間或減少點樣量解決之。
7. 染色后區帶清晰度不良
陳舊標本可使區帶分離清晰度大為降低。應盡量當日標本當日做，zui多不超過2天。另外標本不可溶血，因溶血標本中血紅蛋白與β球蛋白的電泳區帶相重迭。可造成β球蛋白含量升高而蛋白質含量相對減少的結果。
8. 白蛋白區帶染色不均并有空泡
這是染色液陳舊所致，染色液存放和使用過久，會降低蛋白質結合染料的能力。發現正在使用的染液已陳舊時，應立即全部棄去，更換新液。
9. 透明時膜發白不能*透明
薄膜未干或透明液中醋酸含量不足可造成膜發白而不能達到透明的目的，應將薄膜晾干，適當增加透明液的醋酸濃度。
10. 透明時膜溶解
室內溫度過高或透明液醋酸濃度過高均可使膜溶解。可采用適當降低透明液醋酸濃度的辦法來解決。
