一)乳房

乳分泌出來時本應是無菌的，但微生物常常污染乳頭開口并蔓延至乳腺管及乳池，擠乳時，乳汁將微生物沖洗下來，帶入鮮乳中。因此，擠乳時把頭乳棄去。

正常存在于乳房中的微生物，主要是一些無害的球菌。當剛從健康畜體內擠出時，乳汁所含的細菌數并不多，每毫升在幾個到幾千個之間。當乳畜患有結核病、布魯氏桿菌病、炭疽、口蹄疫、李氏桿菌病、偽結核、胎兒彎曲桿菌病等傳染病時，其乳常成為人類疾病的傳染來源。來自乳房炎、副傷寒患畜的乳，可能引起人的食物中毒，因此，對乳畜的健康狀況必須嚴格監督，定期檢查。

二)乳畜體表

乳畜體表及乳房上常附著糞屑、墊草、灰塵等。擠乳時不注意操作衛生，這些帶有大量微生物的附著物就會落入乳中，造成嚴重污染。多為芽胞桿菌和大腸桿菌。

三)容器和用具

乳生產中所使用的容器及用具，如乳桶、擠乳機、濾乳布和毛巾等不清潔，是造成污染的重要途徑。特別在夏秋季節，當容器及用具洗涮不*，消毒不嚴格時，微生物便在殘渣中生長繁殖。這些細菌多屬耐熱性球菌(約占70％)和桿菌，一旦對乳造成污染，即使高溫瞬間滅菌也難以*殺滅。

四)空氣

畜舍內飄浮的灰塵中常常含有許多微生物。通常每升空氣中含有50—100個細菌，有塵土者可達1000個以上。其中多數為芽胞桿菌及球菌，此外也含有大量的霉菌孢子。擠乳前1小時不宜清掃。

五)水源

用于清洗牛乳房、擠乳用具和乳槽所用的水是乳中細菌的一個來源。主要是一定數量的嗜冷菌。

六)蠅、蚊等昆蟲

七)飼料及褥草

乳被飼料中的細菌污染，主要是在擠乳前分發干草時，附著在干草上的細菌(主要是芽胞桿菌，如酪酸芽胞桿菌、枯草桿菌等)，隨同灰塵、草屑等飛散在廄舍的空氣中，污染了牛體和用具，或擠乳時直接落入乳桶，造成乳的污染。混有糞便的褥草，往往污染乳牛的皮膚和被毛，從而造成對乳的污染。

八)工作人員

乳業工作人員，特別是擠乳員的手和服裝，常成為乳被細菌污染的來源。如果工作人員患有某些傳染病，或是帶菌(毒)者，則更危險。