核糖體根據RNA的指示合成蛋白質。如果沒有他們，生命將是不可能的。惠特福德和康奈爾大學醫學院，美國加州大學伯克利分校和洛斯阿拉莫斯國家實驗室的合作者提出了一種計算的框架，被稱為核糖體的分子機器，這一研究可更好地幫助我們了解核糖體的引擎原理，相關論文發表在近期的PLoS計算生物學上。
我們都知道，一般的汽車是如何工作的：踩動油門踏板前進，剎車停止，方向盤決定方向。不過，彈出打開引擎蓋，你會發現這些零件在不同的汽車中有很多的細微差別。
用宏觀的機器，讓引擎蓋下的是一個簡單的過程，但是當它涉及到細胞內駕駛生物學功能的分子機器，事情就變得復雜多了，物理學助理教授Paul Whitford說。
這是因為機器本身的環境對他們有很大的影響。例如，水分子被不斷轟擊，并由于一個水分子的能量非常接近在這些微觀的分子鍵，影響是顯著的。
核糖體由幾十萬的原子排列在一個非常復雜的結構，這是經過幾十年的研究后科學家在21世紀初*確定。有了的計算技術，研究人員現在可以研究核糖體周圍特定的原子內的巨大結構的相互作用。這項研究的工作人員表示，他們可以使用這些信息來估計隨著時間的推移，核糖體如何改變其構象。
一個對大腸桿菌核糖體計算機化描述。小球體代表周圍環境中的帶電粒子。
惠特福德的團隊獲得了仿真模擬核糖體圖像，以及1.3微秒，比實驗室的檢測的超過大約5倍的時間的核糖體行動。花了好幾個月計算，并使用超級計算機進行分析。研究人員認為這將是一個非常有用的核糖體研究工具，使用計算技術研究負責蛋白質合成的核糖體細微差別，從而更進一步了解細胞內部細微結構和運行機制。
