RNA干擾現象是1990年由約根森(Jorgensen)研究小組在研究查爾酮合成酶對花青素合成速度的影響時，為得到顏色更深的矮牽牛花而過量表達查爾酮合成酶，結果意外得到了白色和白紫雜色的矮牽牛花，并且過量表達查爾酮合成酶的矮牽牛花中查爾酮合成酶的濃度比正常矮牽牛花中的濃度低50倍。約根森推測外源轉入的編碼查爾酮合成酶的基因同時抑制了花中內源查爾酮合成酶基因的表達。
1992年，羅馬諾(Romano)和Macino也在粗糙鏈孢霉中發現了外源導入基因可以抑制具有同源序列的內源基因的表達。1995年，Guo和Kemphues在線蟲中也發現了RNA干擾現象。
1998年，安德魯·法厄(Andrew Z. Fire)等在秀麗隱桿線蟲(C.elegans)中進行反義rna抑制實驗時發現，作為對照加入的雙鏈RNA相比正義或反義RNA顯示出了更強的抑制效果。從與靶mRNA的分子量比考慮，加入的雙鏈RNA的抑制效果要強于理論上1:1配對時的抑制效果，因此推測在雙鏈RNA引導的抑制過程中存在某種擴增效應并且有某種酶活性參與其中。并且將這種現象命名為RNA干擾。
2006年，安德魯·法厄與克雷格·梅洛(Craig C. Mello)由于在RNAi機制研究中的貢獻獲得諾貝爾生理及醫學獎。
