sirna的設計是決定RNA干擾實驗成功與否的關鍵步驟，然而并非每個siRNA都能有效引發(fā)基因沉默，因而siRNA的經驗總結尤為重要，siRNA的設計工具也應運而生。因此，生物幫小編總結了部分幫友的成功經驗供大家參考。

經驗1：如果是自行設計siRNA的話，一個目標基因至少設計3-5個以上的siRNAs，平行實驗以期提高成功率。據評估，隨機設計的siRNA有25%的機會有效沉默基因表達(減少75%-95%以上的mRNA)，一半以上的幾率能達到50%的沉默效果。

經驗2：siRNA的反義鏈3'端以UU結尾，這被*是zui有效的的siRNA結構。現在以其他堿基結尾的siRNA也有報道能成功引發(fā)RNAi，你可以嘗試。不過如果是體外轉錄合成siRNA，要避免以G結尾，因為后繼處理時RNAse會切除末端的G。

經驗3：多個siRNAs位點分散分布在mRNA全長上。沒有數據表明siRNA在mRNA上的前后位置和RNAi效果有什么特別的關系。如果siRNA位點因為mRNA二級結構或者蛋白結合的屏蔽而影響siRNA效果，分散分布可以減少風險。不過，也有報道說，如果可能，能避開起始的50-200個堿基，以避開潛在的調控蛋白結合位點。

經驗4：避開和其他基因同源序列，以免“誤傷群眾”。潛在的目標序列都到這里BLAST一下，www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST ，和其他基因有16個以上堿基同源的序列一定槍斃掉。

經驗5：GC比例30%-50%比高GC含量的siRNA的成功率要高些。有較多選擇時留意。不要有連續(xù)9個以上的GC。也盡量避免出現連串的某個堿基。根據Schwards的文章，由于siRNA雙鏈上只有一條鏈會結合RISE上，究竟哪條鏈取決于RNA解旋酶，而正義鏈5' 端以GC開頭，且5'端1-4個堿基GC含量高，且16-19位堿基GC含量低的序列得到的siRNA反義鏈5'端GC含量低3'GC含量高(也有研究表明反義鏈5'端前7個堿基至少有5個AU)，使得反義鏈比較容易正確結合RISE，因而基因沉默效果比較好。

經驗6：如果是shrna表達載體，用的是RNA聚合酶III類的啟動子如U6，的結構是5’GN(19)，后面連續(xù)4個U結尾即可令轉錄終止，要避免序列中j減出現連續(xù)的U/A。

經驗7：芝加哥大學的Anne Cahill這樣說：“我比較喜歡采用siSearch 來設計shRNA.。我喜歡是因為它可以根據一些列公開的設計標準返回一個評分。我并不相信某一個或者某一類設計法則是的，我曾經試過8個:siRNA設計，輸入同一個序列，希望找到一致的目標位點，不過結果令人絕望。所以我不會僅僅盲目的選擇siSearch評分zui高的的序列，我會嘗試其他標準比如預測反義鏈二級結構和和目標mRNA上的定位，同時再看看RNAi Consortium或者RNAi Codex有沒有我的目標序列。”

準備在體外轉錄的RNA干擾，siRNA表達載體，或PCR生成的siRNA表達盒，必須準備適當的模板。這些模板設計基于Web的工具可用于以下Ambion公司包/產品：siRNA沉默構建試劑盒、pSilencer siRNA表達載體、快速的沉默siRNA表達盒試劑盒、siRNA沉默的雞尾酒套件(核糖核酸酶)。