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技術講解:λ噬菌體DNA提取方法

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λ噬菌體是zui早使用的克隆載體,λ噬菌體的基因組是一長度約為50kb的雙鏈DNA分子,它在宿主細胞有兩種生活途徑,其一是裂解生長,環狀DNA分子在細胞內多次復制,合成大量噬菌體基因產物,裝配成噬菌體顆粒,裂解宿主菌再進行下一次感染;其二是溶源性生長,即感染細胞內λ噬菌體DNA整合到宿主菌染色體DNA中與之一起復制,并遺傳給子代細胞,宿主細胞不裂解。平板培養時,裂解生長形成噬斑。液體培養時,裂解生長使菌液中宿主菌zui后全部被裂解而釋放出大量的噬菌體顆粒。經過改造的λ噬菌體克隆位點可插入幾到幾十kb的外源DNA。許多cDNA和基因組文庫是以λ噬菌體作為克隆載體構建的。因此,在經文庫篩選得到目的克隆后,我們常常需要利用λ噬菌體裂解生長的特點,培養獲得大量的噬菌體顆粒,并提取λ噬菌體DNA來開展進一步的工作。

一、試劑準備

1. LB液體培養基:胰化蛋白胨(細菌培養用)10g,酵母提取物(細菌培養用)5g,NaCl 10g,加ddH2 O 至1000ml,*溶解,分裝小瓶,15lbf/in2高壓滅菌20min。

2. 1.5%瓊脂LB固體培養基:稱取1.5g瓊脂粉放入300ml錐形瓶,加100mlLB,15 lbf/in2 高壓滅菌20min,稍冷卻,制備平皿。

3. 20%麥芽糖:麥芽糖20g,加ddH2O 至100ml,0.22μm濾膜過濾。

4. SM液:NaCl 5.8g,MgSO4·7H2O 2g,1M Tris·CL(PH7.5)50ml,2%明膠 5ml,加ddH2O 至1000ml。15lbf/in2高壓滅菌20min。

5. RNase A 10mg/ml,TE配制,沸水浴15min,分裝后貯存于-20℃。

6.DNase I 10mg/ml,TE配制,分裝后貯存于-20℃。

7. PEG 8000

8. 10%SDS

9.EDTA: 0.5M pH8.0

10. /氯仿/異戊醇(25:24:1)

11. 異丙醇

12. 無水乙醇、70%乙醇

二、操作步驟

1. λ噬菌體平板培養

① 用SM液10倍梯度稀釋λ噬菌體原種。

② 取0.1ml各梯度稀釋離心到一消毒微量離心管中,加0.2ml新鮮培養的宿主菌,加麥芽糖(0.2%),MgSO4(10mm),37℃溫育20min,使噬菌體顆粒吸附于細菌。

③ 取熔化(47℃)0.7%瓊脂LB固體培養基3ml與上述管混勻,立即倒入預備(2-4天)的含凝固1.5%瓊脂LB固體培養基的平板內,輕輕晃動平板使均勻分布。

④ 37℃培養6-8hr后,觀察噬斑形成。

⑤ 用剪去部分頭部的吸頭挖取單個噬斑到0.5ml的SM液中,加0.05ml氯仿,震蕩。37℃溫育10min。

⑥ 重復⑴-⑷,獲得單個噬斑滴度。

2. λ噬菌體液體培養

① 取2ml新鮮培養的宿主菌,離心,0.4ml LB培養基重懸,加λ噬菌體0.1ml(新鮮獲得的單個噬斑,依滴度使之與宿主菌比約1/500-1000)。

② 加麥芽糖(0.2%),MgSO4(10mM),37℃溫育20min,使噬菌體顆粒吸附于細菌。

③ 加到100ml LB液體培養基中,加麥芽糖(0.2%),MgSO4(10mM),37℃搖震培養9-12hr后可見裂解發生。

④ 加0.1ml氯仿,37℃繼續搖震培養10-20min。

二、λ噬菌體DNA提取

1. 將上述裂解液轉移至離心管,離心8000g×10min,去細菌碎片,取上清液。

2. 加RNase A、DNaseI 至1μg/ml, 37℃溫育30min。

3. 加9.3g PEG 8000,5.8g NaCl,搖勻至溶解,冰浴1hr或4℃過夜。

4. 4℃離心10000g×20min,去上清液。

5. 加2ml SM液,充分洗溶管壁及沉淀,移到新微量離心管,加20μl 10%SDS,20μl 0.5M EDTA,68℃15min。

6. 加等體積/氯仿/異戊醇(25:24:1),混勻,離心12000g×5min,取上層液到一新微量離心管,加等體積氯仿/異戊醇(24:1),混勻,離心12000g×5min。

7. 取上層液到一新微量離心管,加等體積異丙醇,混勻,-20℃1hr,4℃離心12000g×10min,去上清液。

8.1ml預冷的70%乙醇洗滌沉淀1-2次,4℃離心8000g×7min,棄上清,將沉淀室溫下晾干。

9. 沉淀溶于20μl TE,-20℃保存備用。

三、注意事項

1. 用于裂解的噬菌體、宿主菌為新鮮培養獲得時,裂解好、裂解噬菌體收獲量大。

2. 液體培養裂解時,如到培養時間時裂解尚未發生,可適當提高培養溫度或加大搖震速度。

3. RNase A 、DnaseI消化不全,DNA、RNA可粘走部分噬菌體。

4. /氯仿抽提時,注意PEG、蛋白質等雜質污染,它們會影響限制性內切酶切割。
 

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