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RNAi常見問題及問答(FAQs)

時間:2016-1-12閱讀:1146
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有關Stealth™ RNAi的問題 
什么是Stealth™ RNAi?
Stealth™ RNAi是RNAi化學的新一代產品。Stealth™ RNAi分子是經過化學修飾的、鈍末端、雙鏈25聚體(25mer)。這些化學修飾專門用來消除誘導的細胞應激反應。它也使Stealth™ RNAi比標準的sirna在血清中更穩定,通過確保Stealth™ RNAi雙鏈中只有反義鏈進入RNAi通路,減少脫靶效應(off-target)的可能性。 
如何設計Stealth™ RNAi?
RNAi Designer 免費在線工具是設計有效Stealth™ RNAi的理想工具。RNAi Designer使用*的、基于公開設計法則的算法(algorithm),復雜的同源消除以及獲得的來自invitrogen廣泛的成功的RNAi實驗室數據。使用RNAi Designer,你可以設計*的Stealth TM RNAi分子,來靶定目的mRNA分子,進行有效的基因阻斷。如果你現在已經有一個效果良好的siRNA 序列,把它轉變成有效的雙鏈Stealth™ RNAi非常簡單,同時你可以獲得Stealth™ RNAi所有的優點。 
如何知道siRNA或者Stealth™ RNAi不會靶定其它的基因?
RNAi Designer利用嚴格的設計法則選擇Stealth™ RNAi,選擇的Stealth™ RNAi對于你所選擇的有機體是*的。由于只有反義鏈能夠產生RNAi反應,因而Stealth™ RNAi是消除這些問題的zui有效的方法。 
我需要多大量Stealth™ RNAi?
Stealth™ RNAi以20 nmole 退火雙鏈提供,提供24孔板大約2000次轉染。如果有要求,invitrogen可以提供大規模選擇序列的合成。 
如何我能夠知道使用什么序列?
你可以使用RNAi Designer在線工具設計Stealth™ RNAi的序列。Invitrogen 客戶服務也可以幫助你設計和在目標細胞類型中驗證序列。 
Stealth™ RNAi有多穩定?我能夠在體內研究中使用它嗎?
在血清中Stealth™ RNAi明顯的要比siRNA穩定。增加穩定性特別有利于體內研究,在體內RNAi可能暴露到更多的核酸酶中。通過與Introdigm合作,已經證實Stealth™ RNAi體內腫瘤內注射具有活性。 
是否BLOCK-iT™ Basic RNAi Control Kit 和 Transfection Optimization Kit中的熒光oligo(fluorescent oligo)修飾作Stealth™ RNAi?
熒光oligo是修飾的熒光標記的dsRNA。RNA上的這種修飾促使它以一種清晰和穩定的方式定位到細胞核,使得它成為轉染的一種出色的對照。相反,簡單的熒光素標記的siRNA導致模糊的模式,難以區分熒光oligo是進入細胞或者是僅僅黏附到細胞的外面。 
我是否可以使用BLOCK-iT™熒光oligo優化質粒轉染?
已經顯示BLOCK-iT™熒光oligo的轉染與Stealth™ RNAi和siRNA的轉染相關,但是DNA和BLOCK-iT™熒光oligo的相關性還沒有進行檢驗。 
一般RNAi問題: 
RNA干擾(RNAi)是如何被發現的?
1990年,Jorgenson 和 Mol在研究一種模式植物系統的工作中,*次發現RNA干擾現象存在的跡象。存在天然色素基因附加拷貝的矮牽牛花(Petunias)似乎以某種方式同時阻斷了天然和插入色素基因的表達,被稱之為協同抑制。幾年后,研究煙草的另外一個小組發現,病毒能夠啟動特異基因的抑制。Andrew Z. Fire 和 Craig C. Mello在實驗室中發現注射dsRNA到線蟲(C. elegans),導致與導入dsRNA同源的那些特異基因表達的沉默,而后,在1998年nature上發表的文章中創造了術語RNAi 。 
RNAi 天然生物學功能是什么?
幾乎所有的植物和動物細胞都具有利用siRNA的內部機制,使用siRNA抑制特殊基因的表達。RNAi進化的機制,似乎是為了保護基因組免于內源轉位因子和病毒感染的損害。RNAi可能在細胞中有正常的功能性作用,在生長和發育期間抑制一些基因的表達。 
RNAi優于用來進行組斷基因表達的其它方法的優點是什么?
基因敲除和轉基因動物是功能缺失表型研究的主要方法。然而,獲得這些動物是一個漫長而且費用昂貴的過程,同時很多基因的缺失會導致胚胎致死表型,使得基因敲除變得不再可能。
滅活蛋白功能的方法包括結構域陰性突變構建和分析,和使用抗體和aptamers。但是,這可能需要花費一些時間確定什么構型和結構有功能,而且它們似乎只對某些靶標有作用。
有兩種方法被用來調節mRNA的更新,反義mRNA和核酶(ribozyme)。但是這兩種方法的應用有很大的限制。
RNAi是快速鑒定基因功能而費用低廉的方法,似乎對于到目前為止檢測的大多數基因效果良好。RNAi迅速成為在敲除目的基因表達方面使用更多的方法。RANi對于了解基因功能,信號通路分析,RNAi機制研究和靶標驗證非常有用,同時展示了診斷學和治療學的巨大潛力。 
獲得短的干擾RNA(siRNA)的方法有哪些?
獲得導入哺乳動物細胞siRNA的3種zui常用的方法: 
· 體外轉錄和Dicer酶切(dicing)
· 合成siRNA
· 帶有RNAi框的載體 
siRNA和diced siRNA(d-siRNA)之間有什么差別?
二者的分子結構是相同的,dicer將長dsRNA特異的裂解為21-23個核苷酸雙鏈,具有siRNA標志的兩個核苷酸的突出。主要的差別是d-siRNA是包含一個來源于一個完整全長的dsRNA靶標的siRNA庫,而siRNA通常是指特異針對專門靶定區域的單一序列,通常合成為單一Oligo或者特異幾種Oligos混合物。 
如何測量RNAi的效果?
檢測基因特異阻斷的zui常用的方法是進行western blot分析,比較導入siRNA前后蛋白表達水平的變化。在一些情況下可能使用檢測報告子基因的報告子系統例如β-半乳糖苷酶。也可以應用實時PCR(例如通過使用LUX™引物)或者其它類型基于細胞的分析檢測細胞中轉錄本的水平。

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