簡單序列長度多態性（simple sequence length polymorphism，SSLP）是據串聯重復排列微衛星基序兩側的單一序列設計引物，對微衛星序列（microsalite DNA或simple sequence repeats，SSR）進行擴增，由微衛星基序重復數目的變異而產生多態性。由于基因組中某一特定的微衛星的側翼序列通常都是保守性較強的單一序列，因而可以將微衛星側翼的dna片段克隆、測序，然后根據微衛星的側翼序列就可以人工合成引物進行pcr擴增，從而將單個微衛星位點擴增出來。

由于單個微衛星位點重復單元在數量上的變異，個體的擴增產物在長度上的變化就產生長度的多態性，這一多態性稱為SSLP，每一擴增位點就代表了這一位點的一對等位基因。SSLP是一些長度不等的重復序列、有多個等位基因位點，它們多為2-4個核苷酸序列重復（也叫微衛星標記），在不同動植物品系中其重復次數不同，故可用PCR法來檢測各該多態性序列的長度，從而快速測定出多種回交后代中標記物的分離方式。

由于微衛星標記在基因組中廣泛分布，等位性變異豐富，檢測手段簡便，穩定可靠而受重視，但是微衛星標記要求已知微衛星兩側單一序列信息而使其發展受到限制，同時微衛星標記具有嚴格的種屬特異性也使其應用上受到限制。

間簡單序列重復（inter-simple sequence repeats，ISSR）是近年發展起來的一類新型分子標記技術，它是根據基因組內廣泛存在的微衛星基序設計單一引物，對基因組DNA進行擴增，擴增的指紋圖可以同時提供基因組內多個位點的序列信息。ISSR標記是根據微衛星基序設計單一通用引物對基因組DNA進行擴增而獲得擴增指紋圖，它在保留了SSLP標記的優點的同時，有效地克服了SSLP標記中的設計困難的缺點，可望更好地用于作物分類進化，基因定位和基因的分子標記輔助選擇研究。

Akagi等用UBC-835對水稻包臺型細胞質雄性不育系MTC-10A和其近等基因系MTC-10R進行擴增時發現指紋圖具多態性，連鎖分析表明多態性片段與包臺型細胞質雄性不育恢復基因Rf-1的遺傳距離為3.7±1.1 cM，且定位于第10號染色體的長臂上。本研究指在用UBC-835對野敗型細胞質雄性不育系珍汕97A和其強恢復系IR24進行擴增，并進行SSLP和ISSP的標記分析。

ISSR標記是據基因組中廣泛存在的微衛星序列設計通用引物對基因組DNA進行PCR擴增，引物可以是微衛星基序本身或微衛星基序重復引物3′或5′加上2-4個錨定堿基。ISSR標記和SSLP標記都是檢測基因組中微衛星序列變異，由于微衛星序列不具有結構基因的功能，而且重復單元的重復次數的改變對整個生物體而言是微小的變異，所以在生物進化過程中積累了豐富的微衛星變異，這就決定ISSR標記和SSLP標記的較高多態性水平。ISSR標記在具備較高多態性水平的情況下克服了SSLP標記設計較困難的缺點，可望更好地用于基因定位研究。ISSR比AFLP具有更高的多態性比率。SSLP標記比RAPD標記更能提示遺傳材料間多樣性。