剛出生時，免疫系統編程未成熟B細胞，通過將編碼不同抗體元件的基因洗牌，使之生成能夠對抗大量潛在致病抗原的抗體。這一洗牌的過程就稱為V（D）J重組，它依賴于一個叫做RAG的因子，導致了大量的B細胞能夠共同響應免疫系統未遭遇過的多種抗原。

   V（D）J重組編程每個B細胞，生成對抗一種抗原的單一抗體。由于這一洗牌過程是隨機的，一些新生的B細胞會具有自反應受體。如果發生這種情況，細胞會繼續這一由RAG介導的洗牌過程，即“編輯”（editing）過程，用非自反應受體取代自反應受體。

    近期的一些T細胞研究證實，腸道微生物對于免疫系統造成了一系列的影響。

    Alt教授說：“我們之所以關注腸道中的B細胞，是因為以往的數據表明某些B淋巴細胞起源于腸相關淋  巴組織中經歷過編輯的細胞。但我們沒有預想到會發現，在腸道中發生的早期B細胞發育活動過程和抗體多樣化。

    通過測量RAG水平和V（D）J重組中間體，研究人員發現，在腸道粘膜固有層內的未成熟淋巴細胞正在積極地將抗體基因進行洗牌。事實上，腸道B細胞內的基因洗牌水平與在骨髓中發育的B細胞相似。這些結果與當前流行的小鼠和人類B細胞發育理論相反。

   Wesemann 說：“綿羊、兔和雞在腸道中形成它們的初級B細胞庫。從前，只在人類和小鼠的骨髓中證實過初級抗體多樣性;因此發現這一過程也存在于小鼠腸道中令人感到非常驚訝。”

   Alt 說：“有可能在小鼠體內除了骨髓，腸道還充當了初級B細胞發育的另一個位點。基于我們的小鼠  研究，其他一些人還發現人類粘膜固有層中存在有未成熟B細胞，表明人體內也可能發生了腸道B細胞發育。”

    當研究小組更密切地觀察，并檢測來自腸道和骨髓兩個位點的B細胞中的序列洗牌抗體基因時，他們看到腸道中的B細胞庫多樣性顯著不同于骨髓。盡管洗牌的水平相同，但兩個位點間的實際重排類型卻存在顯著差別。研究還顯示至少一些B細胞庫差異可能是由于腸道B細胞中的編輯所產生。

    引人注目的是研究人員發現，來自斷奶期年輕小鼠的未成熟B細胞，它們的基因洗牌數量根據小鼠體內寄居有正常腸道細菌，或是喂養在無菌環境內有顯著的變化。相比于無菌小鼠，有正常腸道菌的小鼠顯示更多的發育B細胞，這種情況存在于腸道、骨髓和脾臟中。

     總而言之，這項研究表明腸道微生物不僅調控了T細胞的活性，還影響了B細胞的活性。