中藥材生產(chǎn)科技水平較為落后，種植方法較為原始，缺乏中藥材生產(chǎn)管理規(guī)范是主要問題。主要表現(xiàn)在以下四方面：
 

　　種子種苗的提純復壯和優(yōu)良種品選育工作滯后，造成中藥材的質量不穩(wěn)定
 

　　由于大多數(shù)藥用植物引種栽培歷史較短，因此保留著許多野生性狀，目前栽培的中藥材種質混雜，表現(xiàn)為種內(nèi)變異的多樣性。種子種苗的提純復壯和優(yōu)良品種選育工作不及時，是造成中藥材質量極不穩(wěn)定的主要原因。
 

　　 中藥材中農(nóng)藥殘留、有害重金屬含量超標
 

　　在栽培過程，中藥材往往遭受到多種病蟲病的危害，直接影響中藥材的產(chǎn)量和質量，造成重大經(jīng)濟損失。1997年國家中醫(yī)藥局組織有關單位對中藥材植保問題開展調研，調研結果認為藥用植物病蟲害防治是中藥材生產(chǎn)中zui為薄弱的環(huán)節(jié)。病蟲害種類多、危害重、損失大，由于藥農(nóng)對農(nóng)藥缺乏有關常識，濫用、誤用農(nóng)藥問題突出。中藥材中的農(nóng)藥殘留問題，直接影響人體健康，阻礙中藥走向市場。
 

　　環(huán)境污染，某些中藥材生長地區(qū)受到工業(yè)廢液、廢氣等嚴重污染；某些地區(qū)土壤含有砷、鉛等有害元素，有些中藥材在生長過程中富集這些有害元素。這兩個主要原因導致重金屬含量超標。
 

　　不合理的開發(fā)利用，野生資源消耗速度過快
 

　　當前對野生中藥材資源保護措施不力，受價格和市場等因素的影響，常遭掠奪性開發(fā)，導致毀滅性破壞，如肉蓯蓉、川貝母、石斛、穿龍薯蕷，冬蟲夏草等，由于環(huán)境惡化，生態(tài)平衡失調，有些藥用植物分布區(qū)域縮小，甚至減少到物種滅絕的邊緣。
 

　　中藥材栽培、加工技術不規(guī)范
 

　　對道地藥材的開發(fā)和利用不充分，大宗藥材的種植缺乏嚴格的規(guī)程，生產(chǎn)管理粗放產(chǎn)量低、質量差的現(xiàn)象較為普遍。