各行業排出的廢水中，大多都存在各種細菌，如生活污水、醫院污水、養殖污水、食品污水、制藥污水等，而且可能還含有較多的病原微生物。為了防止這些細菌帶來的疾病傳播，所以必須對這類廢水進行消毒處理。在消毒的過程中需要關注以下因素。

1、投加量和時間

消毒劑的投加量和時間是影響消毒效果的重要因素。對于某種廢水進行消毒處理時，加入較大劑量的消毒劑可以得到更好的消毒效果，但這樣也必然會造成運行成本增加。因此要選擇合適的投藥量和反應接觸時間尤其重要。這個都需要實驗修改參數來配合完成。

2、微生物特性

一般而言，病毒對消毒劑的抵抗力較強；寄生蟲卵較容易殺死，但原生動物中的胞囊卻很難殺死；單個細菌很容易殺死，成團的內部菌體卻難以被殺死。

3、溫度

溫度是通過兩個途徑對消毒長生影響。溫度過高或者過低都會抑制微生物的生長活動，直接影響殺菌效率。也會影響傳質和反應速度。較高溫度對殺菌過程更有利。

4、pH

pH決定了氯系消毒劑的存在形態，另外有些微生物的表面電荷特性也會隨pH的變化而變化。表面電荷可能阻礙帶電消毒劑的進入，從而影響消毒效果。

5、水中雜質

水中的懸浮物能掩蔽菌體，使之不受消毒劑的作用，導致消毒劑投加量增加，消毒效果小，因此在消毒前應盡量減少污水中的細小懸浮物。還原性物質和有機物會消耗氧化劑，并有可能生成多種有害消毒副產物。

6、消毒劑與微生物的混合接觸狀況

混合接觸的狀況對消毒過程有較大的影響。研究表明：混合效果越好，殺菌率越高。因此，快速的起始混合是污水氯化消毒的一個主要影響因素，應進行研究以確定加氯點的最佳紊動程度。加藥點應能高速紊流，快速完成混合。

7、處理工藝

一級處理出水比二級或三級處理出水難消毒，因為一級出水有較高的有機物等雜質，可以消耗投加的氯。在一定程度上降低了氯殺菌的效率。