在工業污水處理行業中制藥廢水往往是比較難處理的一種廢水，在處理高濃度有機制藥廢水時通常建議選擇厭氧生物處理方法。但是值得注意的是在單利用厭氧生物處理制藥廢水時，在后續對好氧生物處理還需要單再進行處理，只有這樣才能確保將廢水處理達到良好的效果。
 

　　厭氧生物處理方法主要以上流式厭氧污泥床法、水解升流式污泥床法和厭氧折流板反應器法等為主。這其中采用上流式厭氧污泥床法進行處理時，不僅結構十分簡單，而且停留時問較短，不需要再設置污泥回流裝置，但厭氧生物處理方法對技術具有較高的要求，馴化時間較長，如果達不到具體的要求，則會對水質的穩定性帶來較大的影響。水解升流式污泥床法能夠將無法降低的大分子有機污染物降解為小分子有機污泥物，具有較高的可生化性能，反應速度較快，而且反應過程中污泥產生量較小，不需要密閉、攪拌和分離器等環節，具有較好的經濟性。相較于其他方法而言，厭氧折流板反應器在處理制藥廢水時具有非常好的效果，結構簡單，能夠有效的實現對污泥的截留，在處理高濃度廢水、有毒廢水及難降解廢水過程中都能夠取得良好的效果。

　　好氧生物處理技術大致可分為普通活性污泥法、序批式間歇活性污泥法和深井曝氣法等三種方式。普通活性污泥法在目前制藥廠污水處理中應用的較為普遍，而且此種方法也較為成熟，但在應用此種方法時，由于需要對廢水進行大量的稀釋，這就導致廢水中有大量的泡沫產生，污泥膨脹率也高，直接影響了去除效果。
 

　　而對于間歇性排放、水量水質波動較大的制藥廢水進行處理時，通常都會選擇序批式間歇活性污泥法，此種方法不僅結構簡單，具有非常好的經濟性，而且可以對水質進行均化，不存在污泥回流的情況，但此種方法由于污泥產生沉降，這樣就需要利用較長的時間來對泥水進行分離處理。深井曝氣法是高速活性污泥系統，和普通活性污泥法相比，深井曝氣法具有以下優點，包括氧利用率高，深井中溶解氧效果好，充氧能力相當于普通曝氣的10倍；污泥負荷速率高；占地面積小、投資少、運轉費用低、效率高、COD的平均去除率可達到70%以上；不存在污泥膨脹問題；保溫效果好，可保證北方地區冬天處理廢水獲得較好的效果。