除磷處理設施在運行管理過程中的主要注意事項包括：

(1) 厭氧段是生物除磷關鍵的環節，其容積一般按0.5-2h的水力停留時間確定。如果進水中容易生物降解的有機物含量較高，應當設法減少水力停留時間，以保證好氧段進水的B0D₅含量；

(2) 如果磷的排放標準很高，而所選除磷工藝不能滿足出水要求，可以增加化學除磷或過濾處理去除水中殘留的低含量磷；

(3) 生物除磷工藝的機理是將溶解磷轉移到活性污泥生物細胞中，然后通過剩余污泥的排放從系統中除去。在污泥的處理過程中，如果出現厭氧狀態，剩余污泥中的磷就會重新釋放出來。重力濃縮容易產生厭氧狀態，有除磷要求的剩余污泥處理不能采用這種方法，而應當使用氣浮濃縮、機械濃縮、帶式重力濃縮等不產生厭氧狀態的濃縮方法。如果受條件限制只能選用重力濃縮時，必須在工藝流程中增設化學沉淀設施去除濃縮上清液中所含的憐；

(4)泥齡是影響生物除磷脫氮的主要因素，脫氮要求越高，所需泥齡越長。而泥齡越長，對除磷越不利。在進水B0D₅/TP小于20時，泥齡控制得越短越好。但如果進水B0D₅偏低，活性污泥增長緩慢，就不可能將泥齡控制得太短，此時必須使用化學法除磷。