據一期《分子系統生物學》報道,加拿大研究人員開發出一種新技術,可將DNA(脫氧核糖核酸)條形碼拼接在單個細胞內,以同時搜索數以百萬計蛋白質對之間的相互作用。
近年來,DNA條形碼技術使科學家開展高并行試驗(許多不同類型的細胞在同一試管內進行試驗)成為可能,而新一代DNA測序技術的發展,進一步提高了對條形碼計數和讀取結果的效率。
然而,可在同一試管內進行的試驗次數,卻受限于編碼的細胞類型數量。一直以來,DNA條形碼都是一維的,也就是一個條形碼只能做一次試驗。允許條形碼在細胞內融合在一起,意味著科學家們現在可以打破這一障礙。新技術可顯著提高在單一試管內進行的實驗次數,在同等成本條件下能將效率提高10倍。
在廣泛使用的酵母雙雜交(Y2H)方法中,攜帶一個“誘餌”蛋白的酵母細胞與攜帶一個“獵物”蛋白的酵母細胞配對。對Y2H系統進行操縱后,只有“誘餌”與“獵物”蛋白黏在一起的細胞才能存活,從而使科學家可以觀察到哪些蛋白間互相關聯。在被命名為“條形碼融合遺傳學—酵母雙雜交(BFG-Y2H)”的新技術中,攜帶著數千“誘餌”和“獵物”蛋白的細胞在同一培養皿中配對。
BFG-Y2H方法的新穎之處在于,通過對細胞編程,將來自“誘餌”和“獵物”細胞的DNA條形碼連接在一起,形成一個“融合條形碼”,然后利用新一代DNA測序方法對融合條形碼進行檢測。
研究人員稱,這項研究的zui終目標,是建立蛋白相互作用網絡的三維視圖,而不是靜態圖。通過有效建立含有更豐富信息的蛋白相互作用圖譜,BFG-Y2H方法可拓展研究人員對細胞工作機理的理解,并展現只在某種特定環境條件下才能發生的蛋白相互作用,從而加速對基因功能和人類疾病的理解。
有一種條碼,并不是印在物品上,而是存在于動植物DNA中,這就是“生命的條形碼”。DNA條形碼為現代生物學提供了豐富的分子信息,對鑒定物種及物種間親緣關系等研究意義重大。不過,此前的實驗效率仍然受細胞類型的限制,現在新融合技術的出現,讓研究人員在一個試管內,可以并行檢測到數百萬個蛋白質配對。
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