天然V區可以被看作是在經歷過或未經歷過抗原刺激的淋巴細胞中所發現的結構。結果，有些擴增的V基因將會是重排的肝系基因，而另外的則含有B細胞與抗原相遇所誘導產生的突變體。這些基因擴增所用引物可以識別V基因的5’端scFv單鏈抗體和J基因的3’端或者是CI。或CHl結構域的5’端。總體上，大多數天然來源的擴增V區基因是功能性的，其中不包含終止密碼子或者框移。這是因為B細胞中非功能性V區轉錄會受到抑制。應當注意的是，雜交瘤細胞中的情況并非如此，瘤細胞中經常會有非功能性V區出現。

合成性V區通常是用PCR構建的。這涉及用長核苷酸引物將隨機的CDR3和框架區4添加到所克隆的免疫球蛋白基因3’端。CDR3是通過擴增引物中NNS構建而成的。這個設計可以產生編碼所有氨基酸的密碼子，同時也能使終止密碼子出現的數目zui小。這樣的合成性V基因是以天然V基因為基礎的，但在其CDR區卻含有合成性元件。所構建的CDR3可長可短，變化很大，這取決于擴增所用寡核苷酸的大小。

擴增和克隆天然V基因。

現在已發表了多套各自不同的引物，分別用來擴增來自人類和小鼠的全長天然V基因。總體上，引物套型的建立傾向于使之盡可能識別更多的不同V基因。然而，這也許并非上策，因為已發現在隨機挑出的克隆V基因與選擇的抗體V基因家族之間，存在差異。這也許是因為各種不同V基因家族，在噬菌體展示水平或其對大腸桿菌毒性大小方面有所不同。使用對選擇克隆中的V基因家族和成員有偏好的引物，也許是有利的。抗體文庫中V基因對小部分在細菌中表達良好克隆的這種限制性，看來并不會影響選擇能力。