一、Chelex-100法提取生物檢材中的DNA
Chelex 100能有效除去非核酸有機物,主要用于提取全血或血痕、精液或精斑、混合斑、毛發(fā)、培養(yǎng)細(xì)胞等。但因生物樣本來源不同其操作方法有所差異,以下分別介紹:
(一)全血
(1)取3~10μl全血加到0.5ml離心管中,加人500μl純水,劇烈振蕩,室溫下放置15分鐘。
(2)13,000rpm離心3分鐘,去上清,收集沉淀。(必要時可用蒸餾水反復(fù)洗沉淀物,直至無色或血色素很少)。
(3)沉淀中加入200μl 5% Chelex-100溶液(5% Chelex-100為懸濁液,使用前要充分振搖,使Chelex-100顆粒懸浮),在振蕩器上反復(fù)振蕩,放入56℃保溫30分鐘以上。
(4)取出后振蕩,100℃保溫8分鐘,振蕩后,13,000rpm離心3分鐘,上清用于pcr擴增,或放4℃保存?zhèn)溆谩?/p>
(二)血斑
(1)剪取約0.5cm2的血斑,加到0.5ml的離心管中,加入500μl純水,劇烈振蕩,室溫放置15分鐘。13,000離心3分鐘,去上清。(可用純水反復(fù)洗至無色,載體不需去除,始終留在離心管中。)
(2)以下步驟同全血的提取方法。
(三)混合斑
(1)取適量含有混合斑的檢測,剪碎后放入5ml小燒杯中,加入3ml純水、300μl 10% SDS及150μl 5mg/ml 的PK酶,用牙簽攪拌后,放入37℃水浴6小時以上(過夜)。
(2)將水浴好的檢材移入1.5ml離心管(檢材載體用一次性注射器擠壓后去除),13,000rpm 離心3分鐘,去上清,每管加1.4ml 純水,振蕩,13000rpm 離心3分鐘。洗三次后,移入0.5ml離心管中,13000rpm離心3分鐘,棄上清。
(3)向沉淀物的離心管中加入200μl 5%的Chelex-100(可根據(jù)檢材量的多少進行調(diào)節(jié)),4μl 5mg/ml 的PK酶及8μl 1M的DTT(PK酶及DTT的終濃度分別為100μg/ml和0.039M),振蕩后56℃保溫過夜。次日取出振蕩,100℃保溫8分鐘,振蕩,13000rpm離心3分鐘,上清用于PCR擴增或放4℃保存?zhèn)溆谩?/p>
(四)含有唾液斑的檢材
(1)唾液斑:處理方法與血斑的處理方法相同。
(2)煙頭:用鑷子夾住煙頭,剪刀剪下煙頭外圈的紙,剪碎后放入0.5ml離心管中,加人500μl純水,劇烈振蕩,13000rpm離心3分鐘,棄上清,加入100μl 5% 的Chelex-100,放入56℃保溫30分鐘以上。取出振蕩,100℃保溫8分鐘,13000rpm離心3分鐘,上清用于PCR擴增或放4℃保存?zhèn)溆谩?/p>
(3)口香糖:將口香糖剪碎后放入0.5ml離心管中,加人500μl純水,劇烈振蕩,13000rpm離心3分鐘,棄上清,加入100μl 5% 的Chelex-100,放入56℃保溫30分鐘以上。取出振蕩,100℃保溫8分鐘,振蕩,13000rpm離心3分鐘,上清用于PCR擴增或放4℃保存?zhèn)溆谩?/p>
(五)毛根
用鑷子夾住毛發(fā)的根部,剪去其余部分,將毛根放入0.5ml離心管中(處理毛發(fā)時很容易遺失,應(yīng)小心操作,在桌面上鋪一張白紙。),加人純水洗一次,然后加入30μl 5%的Chelex-100和2μl 5mg/ml 的PK酶,放入56℃保溫6小時以上。取出振蕩,100℃保溫8分鐘,振蕩,13000rpm離心3分鐘,上清用于PCR擴增或放4℃保存?zhèn)溆谩?/p>
(六)肌肉與腦組織
取小米粒大小的肌肉或腦組織,放入0.5ml離心管中,加人純水洗一次,然后加入200μl 5%的Chelex-100和 5μl 5mg/ml 的PK酶,放入56℃保溫3小時以上。取出振蕩,100℃保溫8分鐘,振蕩,13000rpm離心3分鐘,上清用于PCR擴增或放4℃保存?zhèn)溆谩?/p>
二、鹽析法
(一)試劑
TE緩沖液(TE Buffer)
紅細(xì)胞裂解液RCLB
DSP work solution:DSP stock solution 980μl
蛋白酶K(10mg/ml) 15μl
Tween-20 5μl
(二)操作步驟
1)取100μl全血置于1.5ml EP管中。
2)加500μl TE緩沖液,充分混勻,靜置5分鐘。
3) 13,000 rpm離心2分鐘,用無菌分液管移棄上清液。
4)加500μl TE緩沖液,重復(fù)步驟②和③一遍。
5)加紅細(xì)胞裂解液(RCLB)500μl,重度步驟②和③兩遍。
6)zui后一次RCLB洗滌時,移去上清液,加入100μl DSP工作液,充分混勻,直至沉積塊破碎。
7)56℃干熱器孵育2小時。
8)混勻,95℃干熱器孵育10分鐘。
9)加35μl高氯酸鈉,混勻后13,000rmp離心5分鐘,小心吸取上清液移至另一Ep管中。
10)加2.5倍體積冷無水乙醇,沉淀DNA,12,000rmp離心8分鐘,棄上清液。
11)加入1ml 70%乙醇洗滌DNA,10,000rmp離心5分鐘,棄上清液。
置超凈工作臺內(nèi)自然干燥后,加入100μl ddH2O,置4℃保存待用。